En un día como hoy 16 de octubre, pero en 1979, un grupo de amigos de San Miguel Petapa, encabezados por Roberto Roche y por Ángel Santos, se reunieron para fundar a Deportivo Petapa, que en un inicio compitió en la Liga Municipal.
Un año después representó al departamento de Guatemala en la Liga Departamental, alcanzando el subcampeonato, logro que le dio el derecho a competir en la Liga Mayor C (actualmente la Segunda División). A la temporada siguiente subió a la Mayor B, pero años después volvió.
Fue hasta en la temporada 2000 cuando subió a Primera División e inmediatamente al siguiente año ascendió por primera vez a la Liga Nacional, tras ganarle la serie de repechaje a Santa Lucía el 17 de junio de 2001.
Desde entonces ha alternado entre las principales ligas del país, su logro más importante fue el subcampeonato de Copa en el 2011.
Entre sus referentes figuran Julio Tatuaca, Jorge Estrada, Otto Barrios, Eduardo Barros, Carlos Asprilla y Adrián Apellaniz, entre otros.